围绕新疆军垦型细毛羊20号染色体MHC基因临近区段相关位点的研究，构建了中国特有的地方培育品种新疆军垦型细毛羊基因组BAC文库，对所选取的分子标记使用了所构建的2倍基因组文库PCR筛选系统进行了阳性克隆的筛选，并对相关位点进行了PCR产物的扩增、序列测定和同源性对比。中国美利奴绵羊MHC区段基因组测序与基因注释。共对26个BAC克隆的相应Shotgun文库测了约8成数据，平均覆盖度为7-9倍，共进行了591560次测序反应，有73945个读长（Reads）参与序列叠加。绵羊MHC区段全长，绵羊MHC区段的基因组跨度为2434721bp，分为两个不连续部分，跨度分别为2071179bp和363542bp。整个绵羊MHC区段的GC含量为47.1%，低于人类MHC区段的49.8%GC含量，但高于人类基因组平均41%的GC含量，预示绵羊MHC区段GC含量也高于基因组其他区段，从碱基分析层面说明此区段为基因富集区域。利用BGF、GenScan、FgeneSH三种预测软件进行了蛋白编码基因的预测，我们共测了177个蛋白编码基因，145个基因是绵羊中没有克隆其他物种的同源基因，在这177个基因中，已知基因131个，36个预测基因，还有10个新基因，其中8个为绵羊特有的新基因，至今在其他物种中没有发现同源物。同时我们根据Rfam数据库比对分析结果，预测了18个microRNAs。

    第一完成人：高剑峰教授